Hầu hết các hợp chất tự nhiên là hỗn hợp của nhiều hợp chất khác nhau thường rất phức tạp, do đó cần phải được phân lập và tinh chế. Có nhiều trường hợp cần thiết để phân lập hợp chất tự nhiên, có thể là cô lập đủ lượng cần thiết để định danh cấu trúc hóa học, hóa học giáng hóa (phân rã cấu trúc từ đó định danh các nhóm chức), thử nghiệm sinh học, và nhu cầu nghiên cứu khác (lượng thường dùng từ miligam để hàng gram), [ cần dẫn nguồn ] hoặc phân lập trong "phân tích định lượng" những hợp chất quan tâm, khi hợp chất đó đã được định danh và định tính (ví dụ như trong mô hay dịch tế bào).